Организмите, възприемани в миналото като „гъби“, в най-широкия смисъл, т. е. като съвкупност от всички групи организми, традиционно изучавани от миколозите, сега се отнасят към 3 царства - Protozoa, Straminipila и Fungi. Лигавите гъби са включени в системата на Protozoa. Гъбоподобните организми (оомицети, хифохитриди и др.) са обособени в царство Straminipila на основата на строежа на клетъчната стена, флагелатния апарат, митохондриите, биохимичните белези и молекулнобиологичните данни. Същинските гъби (хитриди, зигомицети, гломеруломицети, нелихенизирани и лихенизирани торбести гъби и базидиомицети) са включени в царство Fungi. Гъбите могат да бъдат охарактеризирани като еукариотни, хетеротрофни организми, които всмукват хранителни вещества от околната среда в разтворен вид. Поради спецификата в храненето си, те стоят по-близо до животинското царство, отколкото до растителното царство (Денчев и др., 2005).
Посочените промени в системата на организмовия свят се отразиха неизбежно върху някои термини. По отношение на гъбоподобните организми и гъбите не трябва да се използват термините „растения“, „микроорганизми“ и „флора“ (Hawksworth, 2003; Денчев и др., 2005). Гъбоподобните организми и гъбите, обитаващи определена територия (акватория), изграждат дадена микота и са обекти на оценяване при изследване на гъбното разнообразие.
Съвременното познание за гъбното разнообразие в България се основава на над стогодишен период на изследвания. Първите публикувани видове са предимно паразити (Bubák, 1900; Малков, 1901). Макромицети за пръв път са публикувани от Георгиев (1906). Първият научен труд върху лихенизираните гъби на България е дело на Казанджиев (1900). Независимо че броят на миколозите в България винаги е бил ограничен, от тях, както и от някои ботаници, фитопатолози, лесовъди и зоолози, са публикувани голям брой научни трудове и е натрупана значителна информация за микотата в страната (Денчев, Бакалова, 2002; Денчев и др., 2005).
През последните години бяха положени усилия за оценка на микотата на България (Денчев, Бакалова, 2002; Денчев и др., 2005). Оценките на микотите в света и в дадена страна изискват предпазливост. Независимо от факта, че сега са описани много повече цветни растения, отколкото гъби, гъбите не само са повече от цветните растения, но се очаква да се окажат и една от най-богатите на видове група организми - втората след насекомите. До 2001 г. в света са публикувани 80 060 вида гъбоподобни организми и гъби (Kirk et al., 2001). За прогноза на потенциалния брой се използва коефициента на Hawksworth (потенциалният брой на гъбоподобните организми и гъбите е в съотношението 5,3:1 спрямо броя на видовете висши растения, без мъховете). Hawksworth (2001) прогнозира, че потенциалният брой на гъбоподобните организми и гъбите в света е около 1 500 000 вида. За разлика от висшите растения, които в световен мащаб са проучени 70-95 %, прогнозата е, че едва 5-20 % от реално съществуващите видове гъбоподобни организми и гъби са открити и описани. Инвентаризацията на гъбоподобните организми и гъбите у нас определено изостава в сравнение с тази на растенията и животните. Предстои да бъдат установени хиляди нови за страната видове, включително и нови за науката. Сега у нас са установени 3900 вида висши растения (без мъхове) (Петрова, 2001). Потенциалният брой на видовете в българската микота е оценен на 20 670 (Денчев и др., 2005). В табл. 1 е представена оценката на микотата по таксономични групи.
Таблица 1. Оценка на микотата на България
| Таксономични групи | Видове, брой |
|---|---|
| Оомицети, хифохитриди, хитриди, зигомицети | > 180 |
| Ascomycetes (нелихенизирани и лихенизирани) | > 1 600 |
| Basidiomycetes | около 1 600 |
| Urediniomycetes | 374 |
| Ustilaginomycetes | 118 |
| Анаморфни гъби | > 1 000 |
| Общо установени видове | > 4 870 |
| Очакван брой видове | 20 670 |
Основни източници на информация за оценка на микотата в България са монографската поредица „Гъбите в България“, от която са издадени четири тома (Факирова, 1991; Ванев и др., 1993, 1997; Денчев, 2001), а два нови са подготвени за печат, списъците на някои таксономични групи гъби (Denchev, 1995; Bakalova, 1999, 2001; Assyov & Denchev, 2004; Mayrhofer et al., 2005; Dimitrova & Baral, 2005; Stoykov & Denchev, 2006 и др.), както и съвременните списъци на гъбите в някои от планините ни.
Изследването на микотата в България е осъществено неравномерно в различните райони на страната и инвентаризирането по райони е далече от един напреднал етап. Систематизиране на данни е извършено за някои от планините ни: Централен Балкан (Fakirova et al., 2002), Витоша (Денчев и др., непубл.), Пирин (Denchev et al., 2007), Родопите (Denchev et al., 2006), Странджа (Denchev & Petrova, 2005). Анализът на таксономичната структура, в който и да е от районите, може да има само предварителен характер. Гъби са изследвани и в редица защитени територии на страната, например национален парк „Централен Балкан“ (Fakirova et al., 2000, 2002), национален парк „Рила“ (Gyosheva & Denchev, 2000), природен парк „Рилски манастир“ (Гьошева, 2003), национален парк „Пирин“ (Denchev et al., 2007), резерват „Острица“ (Gyosheva, 1994) и др.
Като основен проблем в опазването на гъбите в България се очертава липсата на нормативен акт, който да регламентира и регулира събирането, изкупуването, продажбата и изнасянето на диворастящите гъби, както и да бъде нормативна база за тяхното опазване. За да бъде обхванато и гъбното разнообразие, необходимо е да бъде изработена и приета Наредба за диворастящите гъби към Закона за биологичното разнообразие. На основата на Национална система за мониторинг на биоразнообразието трябва да се стартира дългосрочен национален мониторинг на гъбното разнообразие.
Като важни стъпки за опазването на гъбите в България може да бъдат оценени издадените Червени списъци (Gyosheva et al., 2000, 2006). Второто издание на Червен списък на гъбите в България включва 215 вида торбести и базидийни гъби (37 вида критично застрашени, 105 вида застрашени, 40 вида уязвими, 14 вида почти застрашени и 19 вида с недостатъчно данни). Към момента това е пълния официален списък на видовете със статус на застрашеност. Проблемът и възможностите за опазване на микромицетите у нас за пръв път са разгледани от Денчев на основата на данните за главните (Denchev, 2005).