Опазването на биологичното разнообразие е в тясна връзка с опазването на природните местообитания. Тяхното съхранение гарантира в голяма степен бъдещето и на свързаните с тях видове растения, животни и гъби. България е страна с богата и разнообразна природа. Географското ѝ местоположение на границата между умерения и субтропичния физикогеографски пояс определя в голяма степен разнообразието на нейните природни условия – климат, воден режим, почвено-растителна покривка. Друг фактор е характерът на релефа, обусловен от геоложкия строеж и различните морфотектонски структури: платформената Долнодунавска низина, частите от Младонагънатата Алпо-Хималайска планинска система, старата суша на Македоно-Тракийския масив. Тези и други фактори обуславят голямото разнообразие на природните местообитания в България.
Съвременният морфоложки облик на България е резултат от продължителна еволюция на сложния ѝ геоложки строеж. Той има в основата си различни по възраст скални комплекси. Като част от Алпо-Хималайския орогенен пояс, релефът на страната е изключително разнообразен. В Северна България е Мизийската хълмисто-платовидна равнина (Дунавска равнина) с преобладаващ низинен и платовидно-хълмист релеф (резултат от платформения ѝ строеж) и редица крайдунавски алувилни низини. В нейната западна част преобладават обширни плоски вододелни пространства между многобройни реки. Източната част включва Лудогорско-Добружанското плато, Поповско-Самуиловските височини (до 501 m надм. вис.) и Провадийско-Долнокамчийското понижение.
Старопланинската верижна система, дълга 530 кm, се състои от Предбалкан (кулисообразно наредени надлъжни ридове, разделени от множество ерозионни и струкурни понижения) и Главна Старопланинска верига, поделяна на три части. Западна Стара планина, с максимална височина 2168 m, е масивна и широка до 45 km, от юг с дълбоко окарстени морфографски нива. Средна Стара планина е най-тясна (до 15 кm), но с максимална височина 2376 m и особено изразени различия между северния стръмен в горната част и полегат в долната част склон и южния по-стръмен и монолитен склон. Източна Стара планина има максимални височини, близки до нивото на нископланинския ѝ хълмист пояс, при което планината губи своята монолитност.
Южно от Стара планина е Преходната планинско-котловинна област с изключително сложен релеф, особено нейната западна подобласт, наречена Крайщенско-Ихтиманска. Тя се отличава с множество планини и котловини при големи хипсометрични разлики – от 550 m надм. вис. до 2290 m надм. вис. В северната част (Средногорско-Задбалканска подобласт) са Задбалканските котловини, а източната част на тази област е заета от Горнотракийско-Среднотунджанската подобласт, в която са включени множество алувиални низини и хълмове. В най-югоизточната част на България са планините Сакар (556 m надм. вис.) и Странджа (710 m надм. вис.), съставляващи Сакарско-Странджанската подобласт.
Рило-Родопският масив е основна част на Македоно-Родопската планинска система. Областта включва планините Рила (куполовиден масив с височина 2925 m надм. вис.) и Пирин (субмеридионално ориентиран хорст, висок 2914 m надм. вис.). Родопите са разделени ясно на Западни и Източни. Първите са поредица от планински ридове с високи плоски била (вр. Голям Перелик – 2191 m), разчленени от силно развита речно-долинна мрежа. Източни Родопи са с нископланински и хълмист облик на релефа. Само част от планините в Осоговско-Беласишка планинска система (Осоговска – 2251 m, Влахина – 1824 m, Малешевска – 1803 m, Огражден – 1523 m, и Беласица – 2029 m) влизат в територията на България, в най-западната част от южната ѝ половина.
Площта на България е почти 111 000 кm2. Обособени са пет хипсометрични пояса: низинен – от 0 до 200 m надм. вис. (31,4 % от територията на страната), хълмист – от 200 до 600 m надм. вис. (41 %), нископланински – между 600 и 1000 m надм. вис. (15,3 %), среднопланински – от 1000 до 1600 m надм. вис. (9,8 %) и високопланински – над 1600 m надм. вис. (2,5 % от площта на България).
На изток територията на България включва част от западната периферия на Черноморския грабен, поделян на крайбрежна шелфова зона, континентален склон и котловинно дъно. Всяка от тези части се отличава със своя сложна морфоскулптура. Някои от формите са реликтни.
Карстът заема около 23 % от територия на България. Многообразието на карстовите форми на релефа, заедно с карстовите води, са в основата на спецификата на много местообитания, изразена чрез техните почвени и растителни таксони и обитаващите ги животински видове. В България има над 5000 пещери, които са местообитания за разнообразна фауна (Вапцаров и др. 1997).
В северната част на Дунавската равнина е развита кватернерна льосова покривка с различна дебелина. Релефът има специфичен характер със сложно налагане на различни възрастови и генетични формени комплекси. Почвите са тип черноземи, притежават мощен хоризонт A и са с различно съдържание на хумус.
Специфична особеност на климата на България е неговото разнообразие в рамките на прехода между умерения и средиземноморския климат. От север на юг характерните за умереноконтиненталния климат стойности на отделните елементи преминават в стойности, характерни за континентално-средиземноморския климат. Подобна промяна се наблюдава и в направление запад-изток, но разликите са значителни само в близост до Черно море. През територията на България преминава и границата, която отделя областта с ежегодна снежна покривка (умерен климат) от областта със снежна покривка, образувана един път на 5, 10 и повече години (средиземноморски климат). Характеристиките на създадените от тази преходност две климатични области на България – умереноконтиненталната и континентално-средиземноморската, варират от въздействието, което оказва сложният релеф на страната (Николова и др. 1997).
Водните ресурси на територията на България се образуват главно от речните води и съвсем ограничено - от естествените езера и отделни по-големи извори. Основният климатичен фактор, от който зависи формирането на речния отток, са валежите. Валежните суми са високи във високопланинския пояс – около 1100 mm/год., в средно- и нископланинския пояс те са средно 800–900 mm/год. (на места до 1000–1200 mm/год.), в хълмистите предпланински части тези суми падат средно до 700 mm/год., а в равнинно-низинните територии – 600 mm/год., като тук основна част от валежите се изпарява или инфилтрира. Най-водоносен е високопланинският пояс – 12,2 % от общите ресурси на страната при площ 2,6 % от нейната територия. С най-голяма водоносност се откроява Рило-Родопската област – тя заема 16,7 % от площта на страната, но водните ресурси са 39 % от общите на България. На второ място е Стара планина с Предбалкана.
Вътрегодишното разпределение на валежите е неравномерно. Зимните валежи под формата на сняг във високите части на планините и оттичането им през пролетта и началото на лятото съвпадат с максималните майско-юнски валежи в районите с умерено-континентален климат, където минимумът е през февруари. В земите с континентално-средиземноморски климат (без най-високата им част) максимумът на валежите е есенно-зимен. В местата с преходни елементи на климата между тези две климатични области се наблюдава вторичен есенно-зимен максимум. Силното засушаване през лятото е типично за континентално-средиземноморския климат.
Големите амплитуди в нивото на р. Дунав, която е северна граница на България, са важен фактор за нивото на подземните води в низините от поречието й. Подпочвените води играят известна роля за особеностите на местообитанията и във вътрешността на страната.
Сред природно-ландшафтните фактори, които формират водните ресурси (геоморфоложки, климатични, почвено-растителни и др.), са и карстът и карстовите басейни, които в едни случаи увеличават водността на територията (Девненски, Понорски, Врачански, Пиринско-Разложки, Добростански и др.), а в други я намаляват (Лудогорието, Добруджа).
Езерата в България са многобройни (естествените наброяват между 300 и 400, като част от тях са временни), но с малки площи и плитки. Въпреки това те са важна група местообитания за редки растителни и животински видове, както и за редки за страната ценози. Крайморските езера са главно лагуни и лимани, важни местообитания особено за гнездящите в тях птици. Около 330 ледникови езера има в Рила и Пирин над 2100 m надм. вис. Карстовите езера са концентрирани в Предбалкана. Има няколко езера с тектонски, свлачищен или крайречен произход. Повечето езерни води са пресни, засолени са главно някои от крайморските езера.
Традиционно средство за обезпечаване на потреблението от повърхностни водоизточници и регулиране на речния отток са над 2000 водохранилища.
Блатистите местности са различни по обхват, тип и режим. Едни са езера, достигнали краен стадий на обрастване и затлачване (главно по Черноморското крайбрежие и по Дунавския бряг). Други заемат понижения в денудационни заравнености в планините (в някои водата излиза в долната част на прилежащите склонове) или ниските части на котловините. Широко разпространени са мочурищата и тресавищата, които не са типични блата и често имат временен характер или съкращават площта си през лятото. Край големите реки в равнините при пълноводие също се формират временни блата. Някои временни заблатявания зависят и от динамиката на подземните води, други имат карстов произход (Зяпков и др. 1997).
Почвите в България са много разнообразни по произход и състав, а почвената покривка има сложна пространствена структура. Установени са 8 висши таксона – ордери според “Легенда на почвената карта на Света“ на FAO (1988, 1990).
В низините, равнините и хълмистите части на страната най-разпространена е зоната с преобладаване на лесивираните почви (Luvisols, LV), следвана от смолниците (Vertisols, VR) и планосолите (Planosols, PL). В зоната има солонци и солончаци и малко участие на наносни почви и др. На второ място по разпространение е зоната с преобладаването на почви със забележима акумулация на органично вещество, наситено с бази - главно в Крайдунавските територии и в Добруджа. Най-ограничена по площ е зоната в условията на климат със средиземноморски черти с канелени почви, жълтоземи, регосоли.
В планините на България от 700–800 до 1800–2000 m н.в. е поясът на кафявите планинско-горски почви. Поясът на тъмноцветните горски почви е между 1800–2000 и 2500 m надм. вис., а този на планинско-ливадните почви е над 2500 m.
България се отнася към две европейски почвено-географски области: Карпатско-Дунавска (Долнодунавска подобласт) и Средиземноморска. Първата обхваща зоната на черноземите и част от тази на лувисолите в Северна България. Средиземноморската почвена област включва територии на юг от Стара планина. Тя е с голямо разнообразие на почвените типове - канелени, смолници, лептосоли, жълтоземи и такива с видима реликтност и идентичност с почви от Северна България (chromic Luvisols, LVx, Nitisols и др.). Обширни са и териториите на плитките почви (Leptosola, LP) (Нинов 1997).
Съвкупността от абиотичните фактори на природната среда на дадена територия определя състава и структурата на нейния биотичен компонент. Най-пълен израз на спецификата на този сложен комплекс дават видовете растения (флората) и растителните съобщества (фитоценозите).
Флора. Българската висша флора включва 60 вида папратовидни и 3840 вида семенни растения. В настоящия момент ендемичният елемент в страната е 12,8 % (498 вида от 43 семейства). От тях 186 вида (4,8 %) са български ендемити, като голяма част са съсредоточени в Родопите, Стара планина, Пирин и Рила. Тези територии са и най-богати на балкански ендемити, които наброяват 312 вида за страната (8 %). България е богата и на реликтни видове, включително с терциерна възраст. Много видове висши растения (около 700) имат ограничено разпространение: срещаните само в един флористичен район са 13 %, като някои имат само едно находище, други видове обитават малки територии с малобройни популации, а трети са в периферията на естественото си разпространение. Защитените със Закона за биологичното разнообразие видове в българската флора са 585 (15 %). В IUCN Red List of Threatened Plants (Walter & Gillett 1998) са включени 106 вида (2,7 %). В Приложение 1 на Бернската конвенция (1979) са включени 50 вида, 21 вида са в Директива 92/43 ЕЕС, а 67 са в списъците на CITES (Петрова и др. 2005).
Антропофитната флора от 560 вида (14 %) включва инвазивни или агресивни чужди видове, които на много места застрашават коренната растителност. При това навлизането на нови чужди видове във флората на България продължава, като много от тях са инвазивни (Петрова и др. 2005).
Мъховата флора на България наброява 719 вида. Най-богато е видовото разнообразие в Рила, следвана (в низходящ ред) от Пирин, Витоша, Западна и Средна Стара планина, Западни и Средни Родопи. Близо 40 % от видовете попадат в категориите “критично застрашен”, “застрашен” и “уязвим” според критериите на IUCN (2001). От 173 вида чернодробни мъхове 11 са критично застрашени, 16 са застрашени и 33 са уязвими (Ганева, Начева 2005).
Растителност и растителна покривка. От растително-географска гледна точка растителната покривка на България представлява комплекс от съобщества с бореален, средноевропейски (най-широко разпространени), степен (на второ място по разпространение), арктичен, алпийски, балкански (включително средиземноморски) и местен характер. Растителността изграждат представители от всички екологични групи по отношение на водния фактор. В широки граници варират видовете по отношение на топлинния фактор и едафичните условия. Киселинността на основната скала и почвите в някои случаи е сред първостепенните условия за развитието на едни или други растителни видове и определя структурата на фитоценозите.
Районирането на растителността в България, основано на фитогеографска и геоботанична информация, разделя страната на 3 области. Европейската неморална (широколистна горска) област включва провинциите Евксинска, Илирийска (Балканска) и Македоно-Тракийска. Евроазиатската степна и лесостепна област е представена от Долнодунавката провинция, а Средиземноморската склерофилна горска област - от Източносредиземноморската провинция (Бондев 1997, 2002). Съгласно биогеографското райониране на Европа по ЕТС/BNP (European Topic Center on Biodivesity and Nature Protection), прието от Европейската комисия и влязло в Директивата за местообитанията (92/43/ЕЕС), България се отнася към 3 биогеографски района: Алпийски, Континентален и Черноморски.
В планините на България са развити всички пояси, обособени в Средна Европа, без нивалния. Българската растителност показва определена специфика в сравнение със средноевропейската, било като част от спецификата на балканската растителност, било поради редица локални различия. Някои автори (Гребенщиков 1957; Лавренко 1950, 1964 и др.) считат, че отнасянето на поясите в планините от Северна и от Южна Европа към един тип е неправомерно. Това обяснява различията в дефинирането на субалпийския пояс от българските автори (Велчев 1997 и др.) и тези от Западна Европа (Ozenda 1985, 2002 и др.). Първите обособяват субалпийски храстов пояс, дефиниран от западноевропейските специалисти като горен субалпийски подпояс, и иглолистен пояс, който се разглежда като долен субалпийски подпояс в западноевропейската литература.
Отлично развит алпийски пояс има в Рила планина. В Пирин той е представен по-ограничено, а другаде се среща само фрагментарно в средновисоките планини на България, както и в други планини на Балканския полуостров. В тревната и храстчева растителност на алпийския и субалпийски пояси доминират не малко балкански ендемити (Sesleria comosa, Festuca riloensis, F. valida, F. penzesii и др.), а също и някои локални ендемити (Primula deorum, Carex tricolor, C. parviflora, C. bulgarica, Sesleria korabensis и др.) заедно с аркто-алпийски и алпийски видове (Carex curvula, Festuca airoides, Juncus trifidus, Cetraria islansiaca, Salix herbacea, Vaccinium uliginosum и др.). Основен компонент на храстовата растителност в горния субалпийски подпояс са фитоценозите на Pinus mugo и Juniperus sibirica, но и тук има ендемични фитоценози като тези на Chamaecytisus absinthioides. Най-забележителни сред тревните ендемити в този подпояс са Primula deorum, Festuca valida, F. penzesii, F. balcanica, F. pirinensis и др.
В иглолистния пояс (долния субалпийски подпояс по западноевропейската дефиниция на поясите), наред с горите на широко разпространените в Европа Picea abies и Pinus sylvestris, са представени и тези на Pinus peuce (балкански ендемит)и P. heldreichii (балкански субендемит). Съобществата на P. peuce са близки до мезофилните, предпочитат силикатна скална основа, а съставът на приземните етажи им е същият като на смърчовите гори (Vaccinium myrtillus, Luzula sylvatica, Calamagrostis arundinacea и др.). Фитоценозите на Pinus heldreichii са ксеротермни, развиват се на алкални скали, в състава им участват ксеротермни субсредиземноморски видове (Festuca penzesii и др.).
Приема се, че иглолистните гори в долния субалпийски подпояс са от субарктичен тип, докато в планинския пояс буковите ценози имат средноевропейски черти. В буковия пояс на България обаче има фитоценози с Laurocerasus officinalis, Haberlea rhodopensis и други ендемити и реликтни видовекато Acer heldreichii. Вида Fagus sylvatica много автори поделят на subsp. sylvatica и subsp. moesiaca, а елата Abis alba е поделяна наsubsp. alba иsubsp. borisii-regis. Южната граница на ареала на първия подвид на елата се намира в най-южно разположената планина на България – Славянка (Али ботуш), а цар-борисовата ела е разпространена в планините в югозападната част на България северната половина на Гърция, но рядко има едификаторни функции.
В най-ниските части на планините български автори обособяват габърово-горунов пояс, фрагменти от който има и извън планините. Растителността в този пояс е с южни черти, свързани със средиземноморската горска растителност. Тук доминират Fagus sylvatica subsp. moesiaca, Carpinus betulus, Quercus dalechampii, Fraxinus excelsior, Acer pseudoplatanus, A. hyrcanum и др., и такива видове като Ostrya carpinifolia, Castanea sativa, Aesculus hippocastanum, Tilia tomentosa, Pinus nigra subsp. pallasiana, които липсват или почти липсват в Средна Европа.
Вертикалното разпределение на растителната покривка в различните планини на България също се отличава с голямо разнообразие. В Стара планина иглолистният пояс е развит слабо, доминира букът, малко е участието на клека и има фрагменти от алпийска растителност. В Родопите и на Витоша има добре развита иглолистна растителност, клек има малко и са на лице само фрагменти от алпийски пояс. В някои от планините доминират варовиковите скали, други са силикатни и растителността съответно има съществени особености в едните и другите местообитания.
Особено място в растителната покривка на България имат фитоценозите на южноевксинските видове, локализирани в Странджа и Източна Стара планина. Горите от Fagus orientalis и Quercus polycarpa представляват сложен комплекс от южноевксински и средноевропейски видове: Rhododendron ponticum, Laurocerasus officinalis, Daphne pontica, Vaccinium arctostaphylos, Trachystemon orientalis, Calluna vulgaris, Festuca drymeja, Acer platanoides, A. campestre, Carpinus betulus, Tilia tomentosa, Quercus cerris, Crataegus monogyna, Poa nemoralis и др.
Горите на Quercus cerris, Q. frainetto и Q. pubescens в хълмисто-равнинните територии на страната са с ареали в югоизточната част на неморалната зона и се отличават с участието на видове с южна природа. Ксеротермните дъбови гори, в състава на които влизат или формират самостоятелни фитоценози Fraxinus ornus, Carpinus orientalis и др., имат ясно изразени средиземноморски черти. В състава им участват Cotinus coggygria, Paliurus spina-christi, Juniperus oxycedrus, J. excelsa, Colutea arborescens, Coronilla emerus, Clematis flammula, Anemone pavonina, Ranunculus rumelicus, Cyclamen hederifolium и др. Някои от храстовите видове формират фитоценози, които имат доста широко разпространение. На места са развити фитоценози на Genista rumelica, G. lydia и други южни видове, или на локални ендемити като Astracantha aitosensis, A. thracica и др.
Особен интерес представляват и реликтните ценози на степни видове като тези на Amygdalus nana, Artemisia lerchiana, Stipa lessingiana, Paeonia tenuifolia, Caragana frutex и др. Разпространението на понто-панонски континентални льосови и пясъчни степи е ограничено, но съществено за биоразнообразието в България. Специфично е и участието в растителността на страната на ендемични оро-средиземноморски съобщества от ниски бодливи храстчета (Astragalus angustifolius и др.) и субконтинентални храстови съобщества. Вечнозелени храстови ценози от Quеrcus coccifera у нас проникват по долината на р. Струма. В състава им участват и други южни видове (Phillyrea latifolia, Pistacia terebinthus и др.), някои от които също са едификатори или доминанти.
Сложна е също така структурата на тревната растителност в равнините с участието на много полухрастови видове, особено на варовити и ерозирани терени. Площта на мезофитната (ливадната) тревна растителност с доминанти Festuca pratensis, Cynosurus cristatus, Lolium perenne, Poa sylvicola и др. все повече намалява. След унищожаването на горите по-често се развиват ксеромезофитни и ксеротермни ценози на Chrysopogon gryllus, Bothriochloa ischaemum (= Dichantium ischaemum), Poa bulbosa, Stipa spp., Festuca valesiaca, Artemisia alba, Satureja montana, Agropyron brandzae и др. В повечето случаи растителната покривка е комплекс от храстови и тревни ценози.
Все по-нарядко в низините и котловините могат да се намерят запазени гори на Quercus pedunculiflora, Q. robur, Fraxinus oxycarpa, Ulmus minor и други мезофилни и хигрофилни дървесни видове. Значително е намаляло и разпространението на мочурни и блатни ценози на Phragmites communis, Typha sp. div., Schoenoplectus sp. div., Nymphaea alba, Nymphoides peltata, Nuphar lutea и др.
Разнообразието на растителната покривка в България се допълва и от халофитната (включително и в някои райони от вътрешността на страната) и псамофитната растителност. В халофитните ценози най-често доминират Puccinellia convoluta, Limonium gmelinii, Aeluropus littoralis, Salicornia europaea, Camphorosma monspeliaca и др. В състава на псамофитните ценози на Leymus racemosus, Ammophila arenaria, Galilea mucronata, Aurinia uechtritziana, Artemisia campestris и др., подложени сега на пълно унищожение, има немалко редки видове и ендемити. Крайбрежните скали и скалните разкрития във вътрешността на страната са местообитания на особено редки фитоценози и ендемични видове.
Идентифицирането на местообитанията в България и отнасянето им към класификациите, разработени в EUNIS (включително и съответстващите единици в Наръчника на ЕС за 27 страни членки, към Директивата за местообитанията, за нуждите на НАТУРА 2000), или друга класификационна схема на местообитанията в Европейския съюз, е свързано с решаването на проблеми, предизвикани от изразената специфика на природата на България в преходната територия между Централна Европа и Средиземноморието. На едно от първите места сред тях е и отсъствието в България на цялостна класификационна схема, разработена по метода на сигматичната школа – проблем, който в някои случаи силно затруднява адаптирането на таксони на местообитанията, обособени за други европейски страни и формулирането на специфичните хабитати за региона и страната. Според съществуващата към момента информация, висшите синтаксони у нас включват 40 класа, които са общоевропейски. На ниво разреди, общо 67, има балкански – Seslerietalia comosa например. В категорията на съюзите (около 93 за България) регионалните единици са повече – Cirsion appendiculati, Potentillo-Nardion, Ramondion nathaliae, Veronico-Papaverion degenii, Seslerion comosae, Pimpinello-Thymion zigoidi и др. Като се има предвид, че основна част от обособените растителни асоциации у нас са или регионални, или локални, то със сигурност може да се каже, че при по-нататъшните проучвания за цялостна класификация на растителността в България по сигматичния метод ще се обособят и други ендемични синтаксони. Пълната класификация на растителността в България по метода на Браун-Бланке (Braun-Blanquet 1964 и др.) ще открои още повече нейната специфика и ще даде възможност за по-пълноценно опазване на местообитанията и техните компоненти
Сред естествените динамични процеси в растителната покривка на България се открояват смяната на тревни ценози с храстова и дори горска растителност и тенденциите за възстановяване на по-близка до първичната тревна растителност на мястото на вторични тревни ценози като тези на Nardus stricta, Bothriochloa ischaemum и др.
Антропогенното въздействие е довело до обезлесяване на значителни територии от страната, независимо от надморската височина, макар че най-силно е променена природната среда в районите с по-малка надморска височина. Настъпило е фрагментиране на обширни горски масиви. Влошени са съставът и структурата на останалите горски ценози, някои от които са придобили храсталачен характер. Доминираща част от листопадните семенни гори са превърнати в издънкови. Степният тип растителност в основната си част е унищожен.
Вторичните съобщества на Carpinus orientalis, Paliurus spina-christi, Juniperus communis, Poa bulbosa, Cynodon dactylon, Chrysopogon gryllus, Bothriochloa ischaemum, Festuca valesiaca, F. rubra, Pteridium aquilinum и др. също са получили широко развитие. Голямо разпространение са придобили и тревно-храстовите комплекси. Ерозията е станала значителна. Силно е намалена и площта на средиземноморската растителност. Някои ценози на Quercus coccifera, Acer monspessulanum, Juniperus excelsa и др. са се превърнали в редини или са заменени от съобщества на Juniperus oxycedrus, Paliurus spina-christi, Bothriochloa ischaemum, Poa bulbosa и др.
Измененията на водните местообитания в районите с по-малка надморска височина са катастрофални – водоемите са частично или напълно пресъхнали, променени са речните корита и са унищожени много крайречни местообитания. В същото време са създадени голям брой нови водоеми и напоителни системи и някои подвижни растителни съобщества заедно с придружаващата ги фауна заемат новосъздадените местообитания.
Високопланинската растителност, до скоро относително по-слабо нарушена, вече също е силно застрашена. Въпреки изключително високата лабилност на природните компоненти в планините и особено във високите им части, реализирането на екологонесъобразни обекти, свързани с туризма, унищожават природата, а много ценни видове, биоценози и местообитания са силно застрашени.
Безценни местообитания по черноморското крайбрежие с хигрофилна, хидрофилна и псамофитна растителност, както и със съответната фауна, са напълно унищожени, а други скоро ще изчезнат.
Нужни са огромни усилия и средства за реконструиране и възстановяване на местообитанията и биоразнообразието в България.
В състава на българската микота до момента са установени 4900 вида с очакване на нови значителни попълнения. Разнообразието на гъбоподобните организми и гъбите, чийто генетичен ресурс включва микромицетите и макромицетите, се оценява, проучва и опазва на основата на комплексен подход. Поради засилващото се неконтролирано събиране на макромицети в България тяхното опазване става особено приоритетно (Денчев и др. 2005).
България е обитавана от богата и разнообразна фауна като следствие от кръстопътното положение на страната между Централна Европа, Средиземноморието, Украино-Казахската степ и Малоазийско-Кавказкия район. На нейната територия се срещат както северноевропейски и степни елементи, така и средиземноморски видове животни.
България е в центъра на Балканския полуостров, който е едно от основните средища на видообразуване в Европа. Значителна част от фауната ни представляват балканските ендемити, особено при видовете, които представляват интерес в консервационно отношение. В състава на фауната на Черно море има реликтни видове и такива, проникнали от Атлантическия океан и от Средиземно море, а също и животни - нашественици от други райони на Световния океан, които оказват съществено влияние върху черноморската екосистема.
Сладководната фауна е изградена от представители на 10 типа животни с изключително голям брой видове едноклетъчни, водни гъби, мешести и ктенофори, плоски червеи, кръгли червеи, киноринхи, ротатории и др. Това разнообразие все още е слабо проучено (Големански и др. 2005).
Особено чувствителни към промените в природната среда са арахнидите (скорпиони, паяци и др.). Те също са недостатъчно проучени, макар вече да се знае, че сред тях има не малко български и балкански ендемити, някои застрашени от изчезване (Делчев и др. 2005). За България са съобщени всички разреди и подразреди акари, които теоретично могат да се очакват. Тяхното видово разнообразие е изключително високо.
Не по-малко е и ентомофаунистичното разнообразие. Установените в България насекоми принадлежат към 2 класа, 30 разреда, и 583 семейства, а видовото богатство е десетки хиляди, като не малко са редки български и балкански ендемити и реликти (Берон 2005а).
Малакофаунистичното разнообразие на България за сега е представено от 445 вида мекотели. От тях около 25 % са черноморски, 21 % са сладководни и 54 % са сухоземни видове. Част от таксоните са консервационно значими (Хубенов 2005).
Една много важна систематична група са рибите (най-големият естествен животински ресурс в света), от които в България има 218 вида от 59 семейства. В “Червена книга на Р. България” (1984) са включени 22 вида, а сред изброените в Световната Червена книга (IUCN) от българската ихтиофауна има 51 вида (Живков и др. 2005).
България е една от страните в Европа с най-високо биоразнообразие на земноводни и влечуги – 56 вида (7 вида опашати земноводни, 12 вида безопашати земноводни, 6 вида костенурки, 13 вида гущери, 18 вида змии). От тях през миналия век два вида змии са изчезнали, а за два вида морски костенурки са регистрирани само единични екземпляри. Всичките днешни 52 вида са включени в Приложенията на Бернската конвенция, 42 вида са защитени от ЗБР, 12 вида са включени в “Червена книга на Р България” (1984) като редки и застрашени. Състоянието на някои от тях продължава да се влошава поради увеличаване на антропогенния натиск (Бисерков 2007, Бисерков и др. 2005).
В България са едни от най-богатите в орнитологично отношение места в Европа. Опазването на птиците е сред главните приоритети за съхраняване на българското биоразнообразие. Налага се да се отделя особено внимание на опазването на значимите им природни местообитания, тъй като това е един от най-ефективните начини и за опазването на птиците (Иванов, Янков 2005).
По отношение на бозайниците България също е сред най-богатите на видове страни на континента. В страната има около 100 вида бозайници, като към този брой може да се причисляват видове, зависими от човека, и видове със спорно присъствие в момента (Попов, Седефчев 2003). Сред тях 46 вида са консервационно значими (Попов и др. 2007). Особено внимание се отделя за опазване на природните местообитания на прилепите - те са сред най-силно нуждаещите се от защита групи гръбначни животни поради тенденцията за бързо намаляване на тяхната численост и видово разнообразие. На територията на страната са определени 13 района с особена консервационна значимост за бозайниците, както и за популациите на много видове от други групи животни. Те са обект на опазване по българското законодателство, но в много от тях, например Странджа, Западни и Средни Родопи и др., икономическите интереси при реализиране на обекти със значително негативно въздействие върху околната среда надделяват и застрашават сериозно опазването не само на бозайниците, но и на много други видове от фауната на България (Спиридонов, Спасов 2005).
България е разположена в един от най-богатите на пещерна фауна райони и нейното опазване е приоритетно, но и този компонент от природата не е извън икономическите интереси, което налага по-строг контрол върху антропогенното въздействие. Увреждането или унищожаването на естествените местообитания, безпокойството, прякото и непряко унищожение на диви животни нарушават качествено и количествено разнообразието на видове на българската фауна (Иванова 2005; Берон 2005б).
Много от животинските видове са обект на стопански интерес, което води до намаляване и застрашаване на популациите на голяма част от тях. Нужно е да се проучат малко познатите групи и важните в природозащитно отношение видове, тяхната динамика, численост, параметрите за разумно използване на представляващите икономически интерес животни. За съхраняването на тези видове от най-съществено значение е да се опазят техните местообитания.
Съществуващата мрежа от защитени територии би играла съществена роля в опазването на природните местообитания и техните компоненти в България, ако се прилагат законите и се налагат ефективни санкции от страна на държавните органи. Създаването на Европейска екологична мрежа от защитени зони – НАТУРА 2000, ще изиграе благоприятна роля за опазване на българската природа, ако нормите, предвидени от научната общност, се спазват реално. С тази цел се разработва и том 3 Природни местообитания на “Червена книга на Република България”.